«ستاد حقوق بشر جمهوری اسلامی ایران» به عنوان مرجع ملی و رسمی کشور در تمام امور مربوط به حقوق بشر، در سال ۱۳۸۴ با مصوبه شورای عالی امنیت ملی و تأیید مقام معظم رهبری به عنوان یک نهاد فراقوه‌ای ذیل ساختار قوه قضاییه ارتقاء یافت. این ستاد وظیفه تمرکز فعالیت‌های نظام، پاسخ‌گویی به ادعاهای بین‌المللی، تبیین مواضع اصیل حقوق بشر اسلامی و صیانت از حقوق عامه و شهروندی را بر عهده دارد.
۱. ساختار و ارکان (نهاد فراقوه‌ای)
با وجود استقرار دبیرخانه ستاد در قوه قضاییه، ساختار آن متشکل از عالی‌ترین مقامات هر سه قوه و دستگاه‌های امنیتی-دیپلماتیک است:
- ریاست ستاد: رئیس قوه قضاییه.
- دبیر ستاد: منصوب از سوی رئیس ستاد (عهده‌دار مسئولیت اجرایی و دبیرخانه).
- اعضای اصلی: دادستان کل کشور، رئیس دیوان عالی کشور، وزرای امور خارجه، دادگستری، اطلاعات، کشور و فرهنگ و ارشاد اسلامی، رئیس سازمان بازرسی کل کشور، رئیس سازمان زندان‌ها، مسئولان دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی و فرمانده فراجا.
۲. مأموریت‌ها و نقش‌آفرینی‌ها
- دیپلماسی حقوقی و قضایی: هدایت تعاملات ایران در شورای حقوق بشر سازمان ملل متحد (ژنو)، مکانیسم بررسی دوره‌ای جهانی (UPR) و پاسخ‌گویی به گزارش‌های گزارشگران ویژه.
- توسعه نظری حقوق بشر اسلامی: تبیین کرامت انسانی بر پایه آموزه‌های اسلامی و پیگیری مفاد اعلامیه حقوق بشر اسلامی قاهره.
- پایش داخلی و اصلاح قوانین: بررسی شکایات شهروندان و همکاری در اصلاح قوانین حقوقی و کیفری کشور.
- مقابله با یک‌جانبه‌گرایی: افشای موارد نقض حقوق بشر توسط مدعیان غربی و پیگیری حقوقی آثار مخرب تحریم‌های ظالمانه علیه ملت ایران.